FSMVU Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Misyonu; lisansüstü düzeyde bilimsel araştırma ve akademik mükemmeliyeti teşvik ederek, topluma karşı sorumluluk bilincine sahip, ulusal ve uluslararası düzeyde rekabet edebilen, kaliteyi gözeten, evrensel değerlere, etik ilkelere bağlı, üretken ve yetkin bireyler yetiştirmektir. Bu misyonu gerçekleştirmek için Eğitim Enstitüsü köklü vakıf geleneğinden ilham alarak, öğrencilerin profesyonel gelişimini destekleyen lisansüstü programların hazırlanmasını ve iyileştirilmesini, bu programların etkinliğini artıracak verimli öğrenme ortamlarının oluşturulmasını teşvik ederek, disiplinler arası çalışmaları destekleyen ve toplumsal gelişime katkı sağlayan bir akademik ortam sunmayı amaçlamaktadır.