10 Ocak 2019 tarih ve 30651 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 09.01.2019 tarihli 576 sayılı Cumhurbaşkanı kararına istinaden Sosyal Bilimler Enstitüsü, Güzel Sanatlar Enstitüsü, Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü ile Eğitim Bilimleri Enstitüleri kapatılmış ve Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kurulmuştur. Kapatılan enstitülerde lisansüstü eğitim yapan tüm anabilim /anasanat dalları ile burada öğrenim gören tüm öğrenciler 10 Ocak 2019 tarihinden itibaren Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü’ne aktarılmış olup öğrencilerimiz bu Enstitüde eğitimlerine devam etmektedirler.
Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesinde; Arap Dili Eğitimi, Bilgisayar Mühendisliği, Bilim Tarihi, Biyomedikal Mühendisliği, Eğitim Yönetimi, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Geleneksel Türk Sanatları, Grafik Tasarım, İç Mimarlık, İnşaat Mühendisliği, İşletme (İngilizce), Kamu Hukuku, Mimarlık, Mimari-Koruma Restorasyon, Kültürel Mirasın Korunması ve Yönetimi, Mimarlık İngilizce, Klinik Psikoloji, Özel Hukuk, Rehberlik ve Psikoloji Danışmanlık, Okul Öncesi Eğitimi, Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler (İngilizce), Tarih, Temel İslam Bilimleri, Temel İslam Bilimleri Arapça, Türk Dili ve Edebiyatı, Yabancılara Türkçe Öğretimi, Yapay Zekâ ve Veri Mühendisliği Yüksek Lisans programlarımız bulunmaktadır. İlgili anabilim/anasanat dallarında Bilgisayar Mühendisliği İslam Bilim Tarihi, Eğitim Yönetimi, Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık, İç Mimarlık, Mimarlık, Klinik Psikoloji, Okul Öncesi Eğitimi, Türk Dili ve Edebiyatı, Tarih, Temel İslam Bilimleri, Temel İslam Bilimleri Arapça Doktora ile Geleneksel Türk Sanatları ve Grafik Tasarım Sanatta Yeterlik programları mevcuttur.
2025 Eylül ayı itibarıyla 1193 lisansüstü öğrencimizin kayıtlı bulunduğu çeşitli anabilim/anasanat dallarından 770 yüksek lisans, 423 doktora ve sanatta yeterlik öğrencimiz başarıyla öğrenimlerini tamamlayarak mezun olmuştur.
Programlardaki dersler, tezler ve projelerle teorik/teknolojik altyapının kuvvetlendirilmesini, uygulamaya yönelik katkılarla da günümüz hayatında karşılaşılabilecek problemlere çözümler üretmeyi ve bilim dünyasına vukuflu akademisyenler kazandırmayı hedefliyoruz.
Enstitü İdari binası Gülhane Binasında bulunmakta, İşletme, Kamu Hukuku, Özel Hukuk, Siyaset Bilimleri, Temel İslam Bilimleri programları Haliç Yerleşkesinde; Geleneksel Türk Sanatları, Grafik Tasarım, Mimarlık, İç Mimarlık, İnşaat, Bilgisayar ve Biyomedikal Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, İşletme (İngilizce), Mimarlık, Mimari-Koruma Restorasyon, Kültürel Mirasın Korunması ve Yönetimi, Mimarlık İngilizce, Yapay Zekâ ve Veri Mühendisliği Topkapı Yerleşkesinde; Bilim Tarihi, Eğitim Yönetimi, Klinik Psikoloji, Rehberlik ve Psikoloji Danışmanlık, Okul Öncesi Eğitimi, Tarih, Türk Dili ve Edebiyatı ve Yabancılara Türkçe Öğretimi programları Üsküdar-Atik Valide Yerleşkelerimizde eğitim vermektedir. Yerleşkelerimize Otobüs, Tramvay, Metro, Metrobüs, Marmaray ve diğer toplu taşıt araçlarıyla kolaylıkla ulaşım sağlanmaktadır.
Başvurular ve giriş sınavları daha ziyade Mayıs-Haziran aylarında yapılmakta, Üniversitemizin Web sayfasında ilan edilen duyurularda belirtilen şartlarla Türk ve Yurtdışı Uyruklu öğrenciler kabul edilmektedir. Öğrenciler ve aday öğrenciler eğitim öğretimle ilgili her türlü bilgiye enstitünün ve ilgili anabilim/anasanat dallarının Web sayfalarından kolaylıkla ulaşabilirler.